Efter att den senaste inlandsisen släppte sitt grepp dröjde det tusentalsår innan det land som skulle komma att kallas för Jonsberg började stiga upp ur havet. Vikbolandet och stora delar av Östergötland täcktes för 6-7.000 år sedan av Littorinahavet, namngivet efter en snäcka. Så småningom började kobbar, skär och öar resa sig ur havet. Men till en början var det bara de allra högsta topparna som nådde över vattenytan. Genom fortsatt landhöjning blev öarna, kobbarna och skären efter hand till den fasta mark som fick namnet Jonsberg.
Det var dock först vid övergången mot bronsålder, ca 1500 f.Kr., som mer sammanhängande landområden började formas, även om havsnivån låg 15–20 meter högre än idag. Ännu under tidig järnålder, ca 500 f.Kr., låg stora delar av Jonsberg under vatten. Det dröjde till tiden kring Kristi födelse, eller år noll, innan Jonsberg hade fått en landmassa som påminner om dagens. Stora vikar som blev till sjöar och åar trängde dock fortsatt djupt in i landskapet. Och i höjd med nuvarande Kuddby kyrka sammanstrålade Bråviken med Slätbaken så att den östligaste delen av Vikbolandet i det närmaste var en ö.
Landhöjningen har kontinuerligt fortskridit seklerna igenom och pågår fortfarande med ett par millimeter om året. Friläggandet av alltmer fast mark hindrade inte en fortsatt riklig förekomst av vattendrag som: insjöar, brunnar, kärr, strida åar, slingrande bäckar och andra våtmarker. De största insjöarna levde kvar långt fram i modern tid. Trots att de grundats upp genom bland annat fortsatt landhöjning, igenväxning och utdikning sätter de fortfarande avtryck i naturen.
En stor sjö i Jonsberg var Mönsen eller Mönnen som täckte hela det område som senare blev känt som Flyna. Sjön fanns kvar ännu på 1700-talet även om den torrlades sommartid. Än idag vattenfylls Flyna vid stark vårflod eller riklig nederbörd. Andra större vattendrag var: Fyrskeda-/Häggebosjön, Stockholmstorpssjön och Håcklösjön som i försvagat skick överlevt till våra dagar. Sjöarna fylldes på med vatten från diken och bäckar samtidigt som de själva hade utflöden i åar.
Sjön Mönsen eller Mönnen ingick i ett större vattensystem som sträckte sig ända från Lyngsjön i Östra Ny och passerade Dalmyrasjön, Rippetorps damm och Flaten i Häradshammar innan det nådde Jonsberg. Från Mönsen leddes vattnet vidare genom ån Mena som hade sitt utlopp i Bråviken. Mena var känd för sitt höga vattenflöde och svämmade ofta över. Ån fick sitt namn till följd av dessa rikliga översvämningar som lätt ställde till ”men” (olägenheter) för befolkningen. Det var dock inte bara Mena som vållade bekymmer. Åkrar i låglänt terräng översvämmades likaså och ängar blev åtminstone periodvis till sankmarker.
De vattensjuka områdena upplevdes som ett problem för jordbruket. Under tidigt 1900-tal genomfördes därför ett flertal utdikningsföretag i Jonsberg i syfte att torrlägga våtmarker och periodvis vattenfyllda åkrar. På så sätt ville man utvinna mer odlingsbar mark och få högre avkastning på sina skördar. Åtgärderna stöttades av staten och reglerades genom en särskild vattenlagstiftning. En ny vattenlag utfärdades till exempel 1896.
Idag är tonläget ett annat. Nu vill många återerövra de gamla sjöarna och skapa reglerade våtmarker på forna havsbottnar. Utdikningarna ledde nämligen till ökade utsläpp av växthusgaser. Det upplevdes inte som något stort problem vid den tiden och var det säkert inte heller. Den svenska nobelpristagaren i fysik Svante Arrhenius hade redan i slutet av 1800-talet talat om temperaturhöjningar till följd av ökade utsläpp av växthusgaser. Han uppfattade dock inte höjningen som ett hot, utan trodde på en långsam förändring som efter åtskilliga sekler framöver skulle ge ett behagligt klimat i Norden.
Frågan om växthusgaser och klimatförändringar har med tiden fått ökad vikt genom växande utsläpp från alltfler håll utöver jordbruket som skogsbruket, fabriker, bilism och flyg. Markägare kan numera få ekonomiskt stöd för att återta och bevara de våtmarker som tidigare generationer fick statlig hjälp att torrlägga.